Pondok Pesantren Al-Zaytun kembali mendapat perhatian dampak dari sejumlah kontroversi. Wakil Sekretaris Jenderal (Wasekjen) Bidang Hukum dan HAM Majelis Ulama Indonesia (MUI) Pusat Ichsan Abdullah mengatakan, Pondok Pesantren Al-Zaytun terafiliasi gerakan Negara Islam Indonesia (NII).
Kesimpulan ini sudah disampaikan MUI pada 11 tahun lalu dalam laporan hasil penelitian yang dilakukan pada tahun 2002. ***